Базы данных являются идеальным решением для того, что вы хотите сделать, и PHP имеет множество функций для работы с ними, поэтому вам не нужно заново изобретать колесо для хранения данных в плоских файлах.
Подумайте, например, о боли, которую вы испытаете через 6 месяцев, когда вам придется взять все эти файлы и добавить столбец к каждому из них ...
С БД вам просто нужно выполнить один очень простой запрос.
Так что, по сути, используйте БД.