FB.api работает асинхронно.Это означает, что ваша функция возвращается до того, как возвращается функция обратного вызова FB.api.
Вам следует установить возвращаемое значение FB.api для переменной или вызвать другую функцию внутри функции обратного вызова FB.api.
function GetUserData(val){
alert(val);
}
getThirdPartyID : function () {
FB.api("/me?fields=third_party_id", function (userData) {
console.debug("Your Facebook ThirdPartyId is: " + userData["third_party_id"]);
GetUserData(userData["third_party_id"]);
});
};