Вы не можете. Самое близкое, что вы можете получить, это указать эти переменные в качестве аргументов виртуальной машины. persistence.xml
поддерживает это в виде разрешения EL-like ${}
.
например.
-Ddatasource=jdbc/mydatasource
с
<jta-data-source>${datasource}</jta-data-source>