У меня была такая же проблема, я исправил ее, добавив этот текст к строке "manifest_template" в setup.py (расширенный пример использует его)
<dependency>
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity
type="win32"
name="Microsoft.VC90.CRT"
version="9.0.30729.4918"
processorArchitecture="X86"
publicKeyToken="1fc8b3b9a1e18e3b"
language="*"
/>
</dependentAssembly>