Используйте serialize () , чтобы преобразовать массив в строку, и unserialize (), чтобы превратить его в массив. Это намного лучше взрыва и ручного разбора. Для простой обфускации (которую может увидеть любой программист) вы можете использовать простую кодировку base64, но вы действительно должны заглянуть в библиотеку mcrypt , чтобы обеспечить реальную безопасность.
Лучше всего было бы вообще не хранить массив в куки. Вместо этого сохраните массив в переменной сеанса, чтобы пользователь мог видеть только идентификатор сеанса. Конечно, это работает, только если вам нужен массив только на время сеанса.
Вы говорите в своем комментарии, что это cookie-файл "запомнить меня", так что речь идет об аутентификации. В этом случае не храните ничего чувствительного в массиве. Просто храните соленый хеш и используйте его. Например, ваш файл cookie может содержать имя пользователя и соленый хеш (хэш пароля базы данных + диапазон IP-адресов). Когда пользователь заходит на сайт, прочитайте cookie и создайте хеш из информации в вашей базе данных. Если он совпадает с хешем в куки, войдите в него автоматически. Если нет, удалите cookie и сделайте вид, что его никогда не было.
Таким образом, в cookie не хранятся конфиденциальные данные, и вам не нужно их шифровать.