Вы можете встраивать практически все что угодно в PDF в виде вложения.
А нажатие на «аннотацию вложения» дает пользователю возможность либо просмотреть / запустить, либо сохранить ее локально.
Вы можете создавать такие аннотации программно в ряде различных библиотек (таких как iText / iTextSharp) или использовать пользовательский интерфейс Acrobat Pro, чтобы сделать это вручную.
Вы также можете встраивать Flash в PDF и в некоторой степени контролировать его выполнение с помощью скрипта в PDF. Если вы можете понять, как обернуть .jar или преобразовать его в SWF, вы там.