Я сделал пару предположений относительно того, что именно вы пытаетесь достичь.Исходя из того, что, я думаю, вы хотите сделать, и я предполагаю, что у меня есть поле, содержащее два элемента div, и холст (и, возможно, он может быть где угодно на экране), я смоделировал html как:
<div id="box">
<div class="topDiv">
this is the top div
</div>
<div class="bottomDiv">
this is the bottom div
</div>
</div>
И я бы предложил изменить ваш javascript, чтобы вы вставляли свой холст перед bottomDiv.
$('<canvas/>', {
'id': 'paint',
}).insertBefore('#box .bottomDiv');
И изменяли стиль вашего класса в bottomDiv и topDiv, чтобы они были position: relative
.Это должно выполнить то, что вы ищете.В основном #box управляет положением группы, а верхний и нижний div остаются фиксированными в этой группе элементов управления.
Вот jsFiddle с некоторыми цветами рамки, чтобы показать, где находятся поля: http://jsfiddle.net/fordlover49/HKtn5/