Возможно, вы столкнулись с этой проблемой:
https://jira.mongodb.org/browse/CSHARP-406
Эта проблема была исправлена, и это исправление будет включено в версию 1.4 драйвера C # (скоро выйдет).
Тем временем, ваш лучший подход - увеличить размер пула соединений со значения по умолчанию, равного 100, что легко сделать в строке соединения:
mongodb: // localhost/? maxpoolsize = 200
Сделайте размер пула соединений достаточно большим, чтобы было больше соединений, чем у вас запущено потоков (или, по крайней мере, достаточно соединений, чтобы удовлетворить все потоки, которым требуется соединение одновременно).