Для формирования URL вы должны использовать JavaScript, например:
<form onsubmit="window.location.href='/search/'+encodeURIComponent(document.getElementById('search_query').value);return false">
<input id="search_query" type="text" />
<input type="submit" />
</form>
РЕДАКТИРОВАТЬ: Приведенный выше ответ не будет работать из-за фильтра URI CodeIgniter. Однако, исходя из моего опыта работы с версией 1.7, если вы передаете более одного параметра GET, вы можете получить их, используя массив $ _REQUEST. Это вообще обойдет фильтр URI. Так что сделайте это:
<form action="/search">
<input name="x" type="hidden" />
<input name="q" type="text" />
<input type="submit" />
</form>
Затем используйте $ _REQUEST ['q'], чтобы получить поисковый запрос. Надеюсь, это сработает для вас.