Для всех, кто ищет это, я обнаружил, что удаление старого Apache (в моем случае, 2.2.22) из раздела «Установка и удаление программ» и установка новой версии (в моем случае, 2.2.24) сохранили все предыдущие настройки.
Мы заблокировали файл httpd.conf, и у нас было приложение, которое модифицировало / добавляло файлы в каталог "htdocs".
После удаления и повторной установки все эти файлы остались без изменений, и появилась новая версия Apache Server.