Не уверен, что кто-то все еще заботится об ответе, но ...
В формуле для индекса ремонтопригодности используются средние значения HV, CC и LOC.
Таким возможным объяснением может быть то, что вы удалили один или два небольших класса, что не подходит для среднего размера и, следовательно, для MI.
Тот факт, что МИ работает со средними значениями, является лишь одной из нескольких проблем с Индексом сопровождения, так что вам может быть лучше игнорировать его.