Первый ответ об использовании командной строки для согласованности сборки правильный, и, вероятно, вам не о чем беспокоиться, если вы полагаетесь на систему сборки, где производственные файлы всегда получены из консольных сборок.
С другой стороны, если вы действительно хотите выяснить, что происходит, вы должны включить файлы карт (на полном уровне детализации) и сравнить / отразить их. Если есть различия между ними, они появятся там. Любые другие различия, которые могут существовать, вероятно, являются результатом отличия параметра строки команды (например, условный флаг, который может быть установлен в настройках IDE).