На самом деле SWF индексируются. Прочитайте этот FAQ . У них есть специальный Flash-плеер, который используется роботами для индексации.
Но, насколько я знаю, Google не индексируется таким образом, потому что большинство флеш-сайтов являются динамическими. Для индексации необходимо вставить фактические строки текста в SWF.
И я не знаю, исправили ли они это или нет, но если вы загружаете данные XML в SWF, они индексируются отдельно. Что не имеет особого смысла.