Вы также можете указать большую часть конфигурации для агента New Relic, включая расположение файла конфигурации, с помощью флагов, передаваемых команде java. В данном случае это что-то вроде:
-Dnewrelic.config.file = / и т.д. / newrelic.yml
(хорошо, это точно так, но вам нужно указать любой путь, который вам нужен, если это не так.)