Нет реальной частой причины, по которой не стоит размещать службу в IIS / WAS.
Если вы хотите абсолютно, полностью на 100% убедиться, что ваша служба постоянно выполняет какой-либо процесс, например, непрерывный цикл или монитор опроса, и, если какое-либо прерывание, независимо от того, насколько короткой является серьезная проблема, тогда вам нужно посмотреть на альтернативные хосты.
Win Server AppFabric наиболее полезен для размещения и кэширования WF-сервисов. Однако обратите внимание, что Win Server AppFabric + Win Server Service Bus 1.0 представляет собой первые шаги в сближении между платформой Azure и частной платформой Windows Server .... Другими словами, какой бы из двух способов вы ни выбрали, это то, что будет зарабатывать хлеб и масло за 5 лет.