После нашего обсуждения в чате вот что мы выяснили:
Вы использовали
shell_exec("cat ".$PATH."/LatexTemplate.tex | sed -e 's/LatexCode/$latexcode/' > ".$PATH."/TexFiles/Q$id.tex");
внутри скрипта PHP для вставки латексного ввода, хранящегося в БД, в файл шаблона и его сохранения. Где-то в этом процессе, новые строки были сброшены.
Лучшим решением было бы заменить exec оболочки на эквивалентный PHP, который загружает файл в строку, выполняет замену строки входной строкой (неэкранированной) и сохраняет ее в другом файле.