Существует ошибка в том, что ScatterChart рисует смещение нанесенных точек.
До исправления в качестве обходного пути вы можете переопределить класс стиля точек.Для этого добавьте новый файл "style.css" в тот же пакет с вашим основным классом и следующим содержимым:
.chart-symbol { /* solid circle */
-fx-background-color: #f9d900;
-fx-background-radius: 5px;
-fx-translate-x: -4px;
-fx-translate-y: -4px;
}
В коде, где создается ваша основная сцена, добавьте следующую строку:
scene.getStylesheets().add("style.css");