У меня короткий вопрос: можно ли протестировать java ee 6 с junit 3 или мне нужно использовать JUnit 4?
Нет, JUnit версии 3.8 и более ранних поддерживает Java до версии 1.4.
Источник: http://www.methodsandtools.com/tools/tools.php?junit