Для Netbeans есть хороший плагин: Export As Archive.
Более подробную информацию вы можете найти здесь: Плагин экспорта в архив
Вы также можете использовать mysqldump для выгрузки своих баз данных.
Еще один хороший способ сделать это - использовать репозиторий (с вашим проектом внутри) с Mercurial (также входит в состав NetBeans) - BitBucket.
Вы предоставляете доступ своему другу и можете совершать действия, когда вносите какие-либо изменения. Это защитит вас и вашего друга от ошибок.