Вы пробовали sudo?
Вместо $ ORIGIN используйте фиксированные пути во время разработки, поскольку они будут работать с программами setuid. Не меняйте основной процесс сборки, просто используйте patchelf, чтобы установить для rpath то, что вам нужно. Вы можете создать скрипт оболочки, который будет что-то вроде:
ln=`readelf -d |grep RPATH`
IFS=:
set -- $ln
newrpath=`echo $2 |sed 's/\$ORIGIN/\/devel\/myprog\/lib/'`
patchelf --set-rpath newrpath myprogram
Тогда ваш двоичный файл больше не будет искать $ ORIGIN /../ lib, но /devel/myprog/lib/../lib