NSUserDefaults использует абстрактную концепцию «путей поиска» для поиска значений по умолчанию. Если вы не настроите его, стандартный объект по умолчанию для пользователя будет выглядеть в трех местах; аргументы запуска, настройки вашего приложения и системные настройки (например, параметры глобальной локализации). Вы также можете вручную добавить идентификаторы для других путей поиска, если вы хотите поделиться одинаковыми настройками между несколькими приложениями (я не пробовал это с iPhone, поэтому я не уверен, доступен ли он на Cocoa Touch или если может сделать это только на OS X).
Возможно, у вас может возникнуть конфликт с одним из общесистемных предпочтений, но, поскольку сначала ищется путь поиска вашего приложения, проблема не возникает.