Я бы сказал, что это зависит. Все остальные до сих пор очень хорошо все расставили.
Используйте LINQ-to-SQL, если вы не возражаете против того факта, что ваша конечная объектная модель будет очень близко отражать вашу базу данных. Вы не можете многое сделать с моделью LINQ-to-SQL или с ней, если обнаружите, что хотите моделировать вещи по-другому.
Используйте EF, если вы хотите потенциально использовать одну и ту же платформу для указания на несколько типов данных или если вы хотите абстрагировать модель базы данных более, чем это возможно в LINQ-to-SQL.
К сожалению, у меня нет данных о разнице в производительности между двумя моделями.
Я бы не сказал, что тот факт, что MS не занимается активной разработкой LINQ-to-SQL, обязательно должен вас отпугнуть. Это очень хорошее, очень, очень простое решение для отображения объектов.