Обычно процесс сервера (apache, httpd или php-cgi) необходимо перезапустить после внесения изменений в php.ini. Возможно, поэтому вы не видите никакой разницы.
Другой способ - поместить ваши настройки upload_max_filesize
и post_max_size
в файл .htaccess в корне вашего каталога Magento. Апач имеет тенденцию читать это чаще.