Не должно быть никаких явных настроек. JBoss AS 6 официально поддерживает только веб-профиль Java EE (который вообще не включает EJB 2.1), но на практике они реализовали полный стек, и компоненты EJB 2.1 должны просто работать.
Тем не менее, если возможно, старайтесь избегать EJB 2.1. Это раздутая, противная и тяжеловесная технология, буквально из другой эпохи. Для любой новой разработки настоятельно рекомендуется EJB 3.1 или даже 3.0.