Я использовал C-API для SQLite на iPhone и не имею никаких претензий. Наоборот, это прекрасно работает.
Если вы планируете использовать Core Data, вы застрянете с iPhone OS 3.0. Если это не проблема с вами, вы можете пойти дальше и использовать его. Но я думаю, многие люди все еще будут использовать iPhone OS 2 в течение 2009 года.