Javascript по определению является клиентской стороной, поэтому (в большинстве случаев) нет смысла загружать его до того, как веб-сайт был доставлен в браузер и выложен.
Если вы загрузите его в нижний колонтитулне увеличивает производительность javascript, то, что он делает, позволяет странице загружаться и загружаться в браузер перед загрузкой javascript.Это можно сделать по ссылке или путем включения в код, однако всегда лучше иметь javascript во внешнем файле, чтобы он не увеличивал размер HTML-страницы, которую вы доставляете в браузер.