Используя команду set, укажите параметры CACHE, например,
set(NAME_INCLUDE "default value" CACHE FILEPATH "description")
set(NAME_LIB "default value" CACHE FILEPATH "description")
В графическом интерфейсе CMake сгруппирует все переменные с одинаковым префиксом.
См. Документацию CMake для set .