Размещать FactoredProfileProvider.cs только в коде App_Code?
Абсолютно нет. Папка App_Code никогда не должна использоваться с моделью веб-приложений, которую использует ASP.NET MVC. Эта папка используется только с веб-сайтами. См. Веб-приложение против веб-сайта . Таким образом, в ASP.NET MVC вы можете разместить этот файл где угодно, как, например, вы можете создать себе подпапку с именем ProfileProviders и поместить ее внутрь.