Предложение Виктора экстернализовать отображения JPA в XML, а не использовать аннотации, безусловно, сработает, но может быть неудобно, если вы получаете объекты JPA из инструментов, которые генерируют только аннотации.
Я предполагаю, что вам нужнона стороне клиента Java-классы, которые соответствуют объектам, которые вы сериализуете в своих REST-сервисах.
Возможно, но очень утомительно создавать объекты DTO - POJO, точно соответствующие объектам JPA с подходящими конструкторами из объектов JPA,Это кажется излишним усилием.
Должна быть возможность написать процессор исходного кода для удаления аннотаций из Java.Я не думаю, что будет работать простое решение для сценариев регулярных выражений, я думаю, что действительно необходим синтаксический анализ исходного кода, поэтому я не решаюсь предположить, сколько это будет работать.Однако согласно ответам на этот вопрос доступен базовый набор инструментов.Я бы начал с такого подхода.