Да, вы можете, мы сделали это с нашим приложением, когда вышел iPad.
Вам придется изменить plist, чтобы он начинался с разных файлов xib / nib в зависимости от типа устройства - тогда ваше приложение должно определить, находится ли он в режиме iPad или iPhone.
Невозможно иметь два отдельных приложения под одним и тем же именем / идентификатором приложения, но переход с iPhone только на универсальное приложение не является проблемой.
Вот ссылка на документ, представляющий универсальные приложения (хотя в документах Apple есть гораздо больше деталей):
http://devimages.apple.com/iphone/resources/introductiontouniversalapps.pdf