Вы можете сделать это с помощью модуля Secure Site: http://drupal.org/project/securesite
Позволяет защитить сайт с использованием базовой HTTP-авторизации. Имена пользователей и пароли будут взяты из таблицы пользователей Drupal, а не из отдельного файла htpassword.
В конфигурации Apache (htaccess или httpd.conf) AuthType всегда привязан к каталогу. Я не думаю, что вы можете связать авторизацию с именованным виртуальным хостом только с помощью конфигурации Apache.