Вам обязательно нужно запускать плагины во время одной и той же фазы? Не можете ли вы использовать какой-либо другой связанный этап? У Maven сейчас много фаз :) «подготовить пакет» против «пакет». Я, вероятно, попытался бы определить несколько исполнений для плагина следующим образом (кстати, это не сценарий реального мира):
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>
<version>2.2.1</version>
<executions>
<execution>
<id>assembly1</id>
<goals>
<goal>assembly</goal>
</goals>
<phase>prepare-package</phase>
<configuration>
<descriptorRefs>
<descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
</descriptorRefs>
</configuration>
</execution>
<execution>
<id>assembly2</id>
<goals>
<goal>assembly</goal>
</goals>
<phase>package</phase>
<configuration>
<descriptorRefs>
<descriptorRef>jar-with-dependencies</descriptorRef>
</descriptorRefs>
</configuration>
</execution>
</executions>
</plugin>
Не уверен, что он будет работать для вашего желаемого заказа, хотя. Может стоит попробовать.