Я подозреваю, что нет "автоматического" способа сделать это. Вам просто нужно написать простое приложение, которое перемещает файлы. В зависимости от того, как вы отслеживаете файлы в S3, вы также можете перемещать только «изменения».
Что касается связанной заметки, я почти уверен, что Amazon выполняет чертовски хорошую работу по резервному копированию данных, поэтому я не думаю, что вам обязательно нужно беспокоиться о потере данных, если только вы не создадите резервную копию в архивных целях или не захотите Защита от случайного удаления файлов.