Вы можете указать iOS на значок, который вы хотите использовать для закладки, но вы не сможете изменить его позже. Рекомендуемая иконка - 57х57. Вы не сможете нарисовать значок, который выходит за пределы вашего прямоугольника значка; но, возможно, вы могли бы подделать его, сделав значок 50x50 со значком размером 57x57. Тем не менее, это никогда не даст желаемого эффекта.
Подробнее о «яблочном значке» в документе Apple: документ Safari
<link rel="apple-touch-icon" href="touch-icon-iphone.png" />
<link rel="apple-touch-icon" sizes="72x72" href="touch-icon-ipad.png" />
<link rel="apple-touch-icon" sizes="114x114" href="touch-icon-iphone4.png" />
Подумайте о создании "гибридного" приложения, которое будет указывать на ваш сайт. Используйте QuickConnect или PhoneGap в качестве отправной точки; тогда вы сможете использовать некоторые методы "родного приложения".