Вы можете использовать iText для перезаписи файлов. У меня есть PDF-файлы, созданные внешним приложением, которые мне нужно отправить клиентам по электронной почте. Я использую iText, чтобы зашифровать их, а также изменить разрешения:
Импортирует iTextSharp.text.pdf
....
Dim reader As PdfReader = New PdfReader(fileName)
PdfEncryptor.Encrypt(reader, New FileStream(mailFileName, FileMode.CreateNew), PdfWriter.STRENGTH128BITS, _
"password", "password", PdfWriter.AllowCopy Or PdfWriter.ALLOW_PRINTING)