Разобрался с ответом, подумал, что поставлю его здесь, чтобы поисковые системы могли его найти.
В любом случае, ссылка, которую я разместил, использовалась
zos.put_next_entry("some-funny-name.jpg")
для добавления файлов в zip-файл. Оказывается, что строковый параметр - это не просто имя файла, это может быть и путь! Таким образом, используя
zos.put_next_entry("some-random-folder/some-funny-name.jpg")
Заставит ваш zip-файл содержать папку с именем some-random-folder с файлом some-funny-name.jpg.