На оболочке вы можете использовать временные трубы.
diff <(echo "string 1") <(echo "string 2")
Используйте оператор backticks или любой другой метод для выполнения команды в php. Подробнее о выполнении команд см. В руководстве: http://www.php.net/manual/en/ref.exec.php
Убедитесь, что вы правильно экранировали строки.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Эта функция называется временные трубы. Таким образом, оболочка переводит его в дескриптор файла.
iblue@nerdpol:~$ echo <(echo "string")
/dev/fd/63
iblue@nerdpol:~$ cat <(echo "string")
string
Подробное объяснение см. http://www.linuxjournal.com/article/2156?page=0,1