Нет ничего плохого в использовании $ natural sort (order) для не ограниченных коллекций.
Значение $ natural резко отличается от ограниченного набора и обычного (где могут происходить обновления / удаления). При регулярном сборе порядок документов со временем может меняться.
Если вы хотите вернуть документы в порядке их вставки, то индекс $ natural (на самом деле не индекс) бесполезен ни для чего, кроме ограниченной коллекции. Это связано с тем, что только закрытые коллекции требуют, чтобы никакие документы не могли быть удалены или перемещены внутри коллекции.