Обычная идиома - сортировка с использованием ключа:
>>> a = [[1,2],[2,10,10],[3,4,'fred']]
>>> b = [2,1,3]
>>> sorted(a,key=lambda x: b.index(x[0]))
[[2, 10, 10], [1, 2], [3, 4, 'fred']]
Это может привести к проблемам с производительностью, хотя - если ключи являются хэшируемыми, это, вероятно, будет быстрее для длинных списков:
>>> order_dict = dict(zip(b, range(len(b))))
>>> sorted(a,key=lambda x: order_dict[x[0]])
[[2, 10, 10], [1, 2], [3, 4, 'fred']]