При использовании отдельного проекта для обработки операций с БД в проекте mvc, следует ли мне хранить строку соединения в dbproject (с помощью app.config) или мне нужно сохранить строку соединения в web.config проекта mvc и вставить еев хранилище (предоставляется dbproject) при его создании?
Конфиг всегда читается из самого внешнего приложения. В файле web.config должна быть ваша строка подключения.
Вы можете прочитать его из своего проекта БД, как если бы это был основной проект. Вам не нужно вводить или делать что-то особенное.