Чтобы запустить приложение JNLP программно (Linux), вы можете сделать что-то вроде этого:
public static void main(String[] args) throws IOException, InterruptedException {
String[] cmd = {"/usr/java/jdk1.6.0_17_limpo/jre/javaws/javaws", "/opt/exata/projetosNB/InterfaceVisualizador/dist/launch.jnlp"};
Process p = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
}