Попробуйте добавить cascade={"persist"}
к определению ваших ответов в организации вопросов
@ORM\OneToMany(targetEntity="Answer", mappedBy="question", cascade={"persist"})
, а также к определению ваших вопросов в организации ответов
@ORM\ManyToOne(targetEntity="Question", inversedBy="answers", cascade={"persist"})
Теперь доктрина должна быть в состояниисохранить все записи в правильном порядке.