Оба достаточно надежны и универсальны. Посмотрите, что используют коллеги и проекты верхнего уровня, поскольку использование одной и той же VCS облегчает совместную работу.
Как разработчик с открытым исходным кодом, вы неизбежно вступите в контакт со всеми распространенными VCS '. Может быть полезно посмотреть, какие системы выбрали различные проекты. Python, Mozilla, OpenJDK являются пользователями Mercurial. Многие небольшие проекты используют Git, особенно в веб-пространстве. И, конечно, если вы занимаетесь ядром, вам нужно использовать Git.
Я использую Git для своих программных проектов, а также для создания версий своей документации, и меня вполне устраивает его надежность и удобство использования, простота ветвления и слияния и т. Д.
Mercurial (с которым у меня ограниченный личный опыт) обладает лучшей переносимостью (окна и т. Д.).