Для этого есть плагин Maven: maven-duplicate-finder-plugin
[EDIT] Если вы хотите сделать это в модульных тестах самостоятельно, используйте
getClass().getClassLoader().getResources( "com/pany/package/Java.class" )
Если возвращается более одного URL
, у вас есть дубликаты на пути к классам.
Недостатком является то, что это работает только в тех случаях, когда у вас были конфликты в прошлом. С другой стороны, это всего лишь несколько строк кода (или одна строка, когда вы пишете вспомогательный метод), и он работает на вашем сервере сборки.