Если вам известно значение переменной в процессе A до того, как он запустит процесс B, вы можете поделиться этим значением несколькими способами.
Передать его в качестве аргумента командной строки, например:
String[] cmd = {"batFile.bat", variableValue};
Runtime.getRunTime.exec(cmd);
Установите его как переменную в среде процесса B, например:
String cmd = "batFile.bat";
String[] envp = {"VARIABLE="+variableValue};
Runtime.getRunTime.exec(cmd, envp);
Записать значение в файл в процессе A, прочитать файл в процессе B.