для тех, кто когда-либо приезжал сюда в эти дни, намного проще (np.loadtxt также может получить генератор):
вместо
a = np.loadtxt('/Users/epy/file2.txt', skiprows=1, dtype=None)
просто напишите
a = np.loadtxt(open('/Users/epy/file2.txt','rt').readlines()[:-1]), skiprows=1, dtype=None)
также пропустит последнюю строку