Устройства pdf и png работают немного по-разному. Устройство pdf по умолчанию помещает несколько графиков в один файл, поэтому оно не будет завершать файл до тех пор, пока вы не скажете ему, что вы завершили создание графиков (с помощью dev.off). Устройство png поместит 1 график в 1 файл, поэтому создаст несколько файлов для нескольких графиков. Поэтому, как только вы начнете второй сюжет, 1-й файл будет завершен и может быть открыт и использован. Вам все еще нужен dev.off для финализации последнего файла после последнего графика.