Это должно быть невозможно, так как пользователь всегда может сделать копию установочного пакета перед его запуском. Пакет (как файл * .msi) - это просто последовательность байтов, которую можно скопировать ...
Вы можете ограничить его до 2-х установок на машину, если вы где-то оставляете некоторую информацию (например, в реестре).
Другой альтернативой является наличие лицензионного ключа (или ключа, встроенного в установочный пакет), который затем используется для активации программного обеспечения с помощью центрального сервера в Интернете. Это, вероятно, единственный вариант.