К сожалению, Java очень и очень плохо сообщает об ошибках на уровне файловой системы, и у вас есть доказательства здесь:
Caused by: java.io.FileNotFoundException: Could not open ServletContext resource [/WEB-INF/applicationContext.xml]
Да, верно.Зачем?Ошибка диска?Проблемы с разрешением?Вы не можете сказать.
Первый: проверьте права доступа к файлу.
Второй: если они верны, проверьте, является ли это символической ссылкой: некоторые серверы веб-приложений не будут следовать символическим ссылкам, если не настроеныдля этого.
В-третьих: если 1 и 2 ничего не обнаружили, убедитесь, что пользователь, на котором запущен сервер приложений, имеет права на чтение и выполнение от корневого каталога до каталога, содержащего файл.