Сначала убедитесь, что вы выполняете отладку на вкладке скрипта, затем найдите функцию, для которой вы хотите установить точку останова.Он должен выделить / найти файл сценария.
Я использую IE Developer Tools для регулярной отладки приложения на основе IFrame.
Отображаются ли скрипты из других доменов в проводнике исходного кода (рядом с кнопкой отладки) на вкладке сценария?
Редактировать:
Используя этот простой тест, я подтвердил, что IE Developer Tools загрузит сценарии на внешних доменах:
<html>
<head>
</head>
<body>
<iframe src="http://msdn.com" height="400" width="400" />
<body>
</html>